Subotzky התפרסם במיוחד בעקבות פרוייקט הצילום, שהתחיל עוד בתקופת לימודיו, בו תיעד את חייהם של אסירים בבתי הכלא בדרום אפריקה – מדינה שעדיין סובלת מגזענות קשה כלפי שחורים. פרוייקט זה כולל גם צילומים בבתי הכלא, גם צילומים של חייהם של אסירים משוחררים וגם צילומים שצולמו בידי האסירים עצמם במהלך סדנאות שהועברו על-ידי הצלם.